抗生素在防治传染病及感染性疾病中起重要作用，如果用药不当，也会产生许多不良后果。因此，在应用抗生素时应注意以下问题：
，准确地诊断疾病，正确地选择药物。兽医在检查过病猪及其生长场所后，必须依靠自己的经验和判断，进行预测性诊断，以便对病猪选择适当的治疗药物，进行初步治疗。假如兽医把使用抗生素作为其治疗方案的一部分，就要正确地选择抗生素种类。
同时，兽医还必须与饲养者一同诊断病情，以确保治疗方案的正确性。严格掌握适应症，选择抗菌药物时，应结合临床诊断、致病微生物的种类及其对药物的敏感性，并根据症状轻重，选择对病原微生物敏感和临床疗效较好、不良反应较少的抗菌药物。
对革兰氏阳性菌引起的病症应青霉素G；次选四环素、庆大霉素、先锋霉素、增效磺胺、磺胺药。对革兰氏阴性菌引起的病症卡那霉素、庆大霉素、链霉素、多粘菌素；次选增效磺胺、磺胺药、四环素类、青霉素。
第二，剂量使用要适当，太小起不了治疗作用，太大造成浪费并可引起严重不良反应。一般开始应用时剂量宜稍大，以便给病原微生物以决定性打击；对急性传染病和严重感染时，剂量也宜稍大；而肝、肾功能不良时，按所用抗生素药物对肝、肾影响程度而酌减用量：。
药物的治疗要视病情而定。一般传染病和感染性疾病应连续用药3～5天，直至症状消失后再用1～2天，切忌停药过早而导致疾病复发。
给药途径也应适当选择，严重感染时多采用注射给药，一般感染和消化道感染以内服为宜，但严重消化道感染而引起菌血症或败血症时，应选择注射法与内服并用。
第三，防止细菌产生耐药性，控制耐药菌传播。抗生素耐药性是指某些会被抗生素抑制的细菌，在与抗生素接触后仍具有生存能力。对抗生素产生耐药性，通常是长期使用抗生素的结果。同时，对抗生素的过量和不正确的使用，将会加速耐药性的产生。
耐药性还具有遗传性，细菌会把它们的耐药基因传递给自己的“子孙后代”，使其在与抗生素接触时生存和增殖。而某些细菌具有天然的抗生素耐药性，其耐药性基因会在其DNA中某一部位聚集起来。科学研究已发现了这种耐药性基因在物种内，甚至跨物种的病菌与病菌之间的传递的途径。如葡萄球菌在长期接触青霉素后，产生抗青霉素的水解霉，破坏青霉素，从而形成一种耐药金黄色葡萄球菌，给临床治疗增加了困难。
严格掌握抗菌药的适应症，剂量要充足，疗程要适当，以有效血药浓度，来控制耐药菌发展，必要时可采取联合用药。
诊断不确切时，不宜轻易应用抗菌药物。另外，避免长期预防性给药、对污染场所彻底消毒、有效抗菌药物分批交换使用，这对防止耐药菌株形成和传播均有效。
第四，妥善保管抗生素，在一般的药品标识中，都有正确保存抗生素的方法，要严格按标识说明进行妥善保存，对保存的抗生素应至少每年检查一次，以便发现和清除过期失效的抗生素。饲用抗生素应在标识清楚、防水的容器里保存，并应保存每种抗生素的使用记录。
目前，抗生素主要从微生物的培养液中提取，有些已能人工合成或半合成，这就扩大了抗生素的来源，同时为改善其抗菌性能，减少副作用，扩大其临床应用范围开辟了广阔的天地。
润牧康生物总结：抗生素是对抗致病微生物的有力武器，在防治细菌感染和各种传染病方面，都有重要意义。