就目前来说，蛋鸡、种鸡、肉鸡均发病比较普遍，八种小肠球虫，它们对肠道危害大致相同，也有差异地方；发病形式多是两种球虫、三种球虫多种球虫混合感染，造成直接危害是都是肠道的损伤。
在临床上小肠球虫的危害主要体现在几个方面。
1、食欲减退
八种球虫在肠道繁殖过程中，都可以损害肠粘膜上皮细胞、组织，均可以造成鸡采食欲减退，引起采食量减少现象。
2、饲料营养吸收受阻
各种球虫虽然主要寄生部位有差异，但是都会造成肠道黏膜对饲料营养的消化吸收障碍，使鸡只鸡群表现有营养缺乏特征；表现在结果就是出现营养代谢性疾病，和生产性能减弱，如产蛋率不升，上不到高峰，蛋壳质量差等；肉鸡体重不达标现象。
3、频繁继发肠炎
各种球虫在肠道繁殖中，对肠黏膜上皮组织和固有层淋巴细胞有明显损坏，破坏了肠道内环境的平衡，使一些有害阳性菌快速繁殖；如产气荚膜梭状芽孢杆菌感染形成的坏死性肠炎，较为普遍。近年来，蛋鸡“红粪便”形式拉稀困扰这蛋鸡乃至所有家禽健康饲养。
4、生长缓慢
小肠球虫引起的肠道黏膜的损伤，促使了营养吸收出现问题，导致机体生长缓慢体重不达标或下降等现象。
5、色素沉积不良
8种球虫中“巨型、和缓、毒害、早熟艾美耳球虫等”会直接引起肠道对“叶黄素、胡萝卜素”吸收，色素从肠道都排出体外；造成鸡体表皮肤、鸡腿鸡爪、鸡蛋壳、蛋黄颜色色泽减退现象。因此，养殖者如果需要鸡有好皮肤颜色、蛋壳蛋黄颜色，就必须要重视这四种球虫亚临床感染的预防。
6、机体发育受阻
也因为小肠球虫感染造成肠道对营养吸收障碍，对青年鸡来说，到60日龄了，结果体重不达标；到15-16周龄鸡群该加光照时间了，结果体格发育不够，生殖器官发育不足；一旦到了开产日龄，就出现“脱肛、啄肛、泄殖腔破裂”，甚至出现产蛋没有产蛋高峰，或高峰期来临太慢，或产蛋率高峰持续时间短等。肉鸡出栏时候体重不达标，不只霉菌毒素问题，也有慢性小肠球虫感染问题。
7、养殖成本增加
从各个方面看，各种球虫的危害大同小异，共性特点是：多球虫共感染普遍，容易造成肠道黏膜损伤和食欲减退、消化吸收障碍；造成饲养成本增加，减少养殖效益。
那么我们到底该如何防治小肠球虫病呢？
1、加强饲养管理
要将不同批次的鸡群分开养殖，避免混养交叉感染。近期笔者走访市场发现有许多养殖户同栋养殖产蛋鸡与青年鸡，这是极不科学的，因为混养会造成疾病的交叉感染。另外球虫卵排出体外后，在条件适宜的情况下不经过中间宿主就可以进行孢子生殖，为了避免健康的鸡采食到球虫孢子，养殖户要及时清粪，将鸡粪堆放发酵杀灭虫卵。此外还需加强消毒，切断传播途径，保持鸡舍的干燥、通风、卫生。球虫在潮湿的环境下滋生的更迅速，所以保持鸡舍干燥可以有效降低球虫病的发生。
2、药物防治
球球大作战
主要成份
溶菌酶、青蒿、柴胡、苦参、常山、白茅根、栀子、黄连、知母、鳖甲等。
产品特点
抗菌、消炎、清热、利湿、退黄
作用机理
缓解多种球虫引起的小肠球虫病和盲肠球虫病。本品对于球虫病继发的肠炎腹泻等症也有很好的恢复。修复受损肠道，控制患禽过料、腹泻症状，恢复肠道机能，促进生长。