消毒对水产养殖的病害发生主要起预防作用，选择合适的消毒时机、合适的消毒产品以及合理控制用量非常重要。
大量研究表明，近年来，很多水产中都发现药物残留问题，从某种程度上讲，这些都和不恰当的消毒方式、消毒剂选用有关，选择优质的消毒产品，才是水产消毒的关键。
强力碘
【用法用量】1、外用：先用水稀释50-100倍后，全池均匀泼洒。预防：每立方米水体用本品0.1-0.2ml，（或0.1-0.2g）或每由水面（水深1米）用本品50-100ml，每10-15天试用一次。治疗：每立方米水体用本品0.2-0.3ml（或0.2-0.3g）或每亩水面（水深1米）用本品100-150ml，每天一次，连用2-3天，病情严重者可加倍使用。
2、参圈消毒：预防：每亩水深1米用本品80-100ml；治疗：每由水深1米用本品100-150ml，每日1次，2-3天即可。
一方面，消毒可杀灭水体中的病原微生物，降低鱼类感染的风险，减少鱼病的发生，并能调节水质。
另一方面，消毒产品都具有一定的氧化性和刺激性，对水产动物造成一定的损伤，加之水体是一个变化的、复杂的系统，某些化学物质对水体环境易造成负面影响。
所以，选择合适的消毒时机、合适的消毒产品以及合理控制用量非常重要。