重庆市畜牧科学院始建至今，经历了14次更名，9次变更行政隶属关系。
研究院前身为“川东荣昌种畜场”，建于1951年元月，属川东行署农林厅领导，负责人甘文定、谢瑞徵。后更名为“川东荣昌种猪场”。
1953年3月14日更名为“四川省荣昌种猪试验场”，属四川省农林厅领导，负责人孙玉堂、黄谷诚。1954年1月14日与荣昌县农场合并，同年4月更名为“四川省农牧试验场”，属四川省农业厅领导，由江津专署代管，场长吴登洪，副场长朱允钧。
1955年2月更名为“四川省荣昌农牧试验站”，站长吴登洪，副站长朱允钧、管昌群。
1957年3月31日与荣昌县农场分开，与江津地区种猪场合并，更名为“四川省荣昌种猪试验站”，业务关系属荣昌县领导，站长张富志，副站长吴登洪、景奇峰。
1959年9月1日更名为“四川省农业厅种猪试验站”，属四川省农业厅领导。1960年9月至1963年，站长张富志，景奇峰、刘昌谟、周宗汉；1964年至1966年4月，副站长刘星伍。
1966年4月与荣昌畜牧兽医学校合并，更名为“四川省荣昌畜牧兽医学校农牧场”，刘星伍为负责人。1970年初与畜牧兽医学校分开，恢复“四川省荣昌种猪试验站”名称，属四川省农业厅领导。
1971年改属四川省农业科学院领导，更名为‘四川省农科院种猪试验站“，陈德贵任”革委会“主任，刘星伍、唐学光任副主任。
1980年初改属四川省畜牧局领导，更名为”四川省种猪试验站“，站长邓顺珍（兼党委书记），副站长陈德贵、郑敏书。
1984年6月经四川省体改委、省编委批准，将原种猪试验站更名为”四川省养猪研究所“，隶属关系不变。1984年至1988年期间，所长明再勉，副所长陈德贵、谭明万，书记邓顺珍；1988年至1997年所长谭明万，副所长邓吉辉、曾代勤、张镜生、范首君、刘作华，书记先后由邓顺珍、郑敏书、涂邦军担任。
1997年6月由四川划转重庆直辖市，更名为”重庆市养猪科学研究院“，隶属重庆市农业局，同年11月7日，范首君任常务副院长，涂邦军任书记，曾代勤、张镜生、刘作华任副院长，邹胜华任纪委书记；1998年7月6日，刘作华任院长，范首君任党委书记兼常务副院长，曾代勤、张镜生、杨良惠任副院长，邹胜华任纪委书记。
2003年5月由市机构编制委员会以渝编[2003]73号文批复，由原重庆市养猪科学研究院、重庆市畜牧兽医科学研究所、重庆市种猪场三单位合并组建成重庆市畜牧科学研究院，是属市农业局管理、财政全额拨款的副局级事业单位。畜科院总部设在位于荣昌县城区的原养猪院，重庆市沙平坝区石桥铺原畜科所设置为畜科院B区。