甘肃省畜牧业协会秘书处主要部门设置有：综合部、市场合作部、信息部。
甘肃省畜牧业协会的分支机构置有：羊业分会、牛业分会、甘肃省奶业协会、猪业分会、蜂业分会、禽业分会、特种养殖业分会、兔业分会、草业分会。
各部门主要职责：
综合部：负责秘书处的日常行政、人事、财务、文秘、档案、固定资产等管理工作；负责接待和对外关系协调工作；负责协会的组织建设、发展和管理会员；负责分会的登记和管理工作；负责会员和分会的奖惩工作；完成秘书处交办的其它事宜。
市场合作部：拟定实施畜牧业行为规范，建立行业自律机制，营造行业内部竞争的良好环境，维护行业整体利益；协调产、供、销，开拓国内外市场，协助协调本行业进出口贸易的有关工作；向政府有关部门提出反倾销策略，保护行业利益；负责发展与国内外同行业社会团体、企业及个人的友好往来；组织对外经济、技术合作；组织大型交易、博览会、各种活动的策划；组织行业内的人才培训和智力开发；组织开展技术咨询、技术推广；完成秘书处交办的其它事宜。
信息部：负责调查研究国内外畜牧业及相关行业的发展动态和趋势，为政府制定行业政策、法规、规划等提供咨询和建议；组织畜牧业行业信息的收集、汇总、分析、交流、发布；负责协会的对外宣传、负责会刊和甘肃省畜牧业信息网的管理工作；向会员推荐优质可靠的种畜禽、饲料饲草、牧草种子、机械设备、药品药械信息等；快速传递生产、加工、市场、科技等方面的情报、信息；完成秘书处交办的其它事宜；