甘肃省畜牧协会管理总站的主要职能是实施畜牧科技开发、引进、试验、示范、繁育、推广，行业培训及职业技能鉴定；畜禽种质资源保护、监管、品种改良及新技术的引进、监测和成果转化，信息服务。推广养殖小区建设技术，受委托行使畜牧法的行政执法工作。畜禽品种改良与推广是总站的工作重点。
1、宣传贯彻执行国家及发展全省畜牧业的方针、政策和法规（条例）；制定全省畜牧科技推广工作的中长期发展规划及年度计划。
2.负责全省畜禽品种改良、培育及其种畜禽质量监测；受委托行使畜牧法的行政执法工作，宣传贯彻执行种畜禽管理法规、条例及实施办法，指导全省种畜（禽）场和畜牧企业的种畜禽生产、使用及技术管理；指导有计划地做好优良畜禽品种的保护选育及杂交优势的利用推广工作。
3.组织实施畜牧科研成果转化、推广及开发工作；制定畜牧业技术标准及管理办法，开展技术应用水平及应用质量的监测。
4.组织实施畜牧重大技术的推广；新技术、新成果、新畜种、新材料的引进及试验示范。推广养殖小区建设。
5.收集、分析、交流省内外、国内外畜牧业信息，并指导各级地方畜牧推广部门的业务技术；开展面向省内外的技术培训、技术指导、技术咨询、信息服务及技术承包；职业技能鉴定。
6.积极开展畜牧业综合项目的调查研究，参与编制项目可行性研究，并组织项目实施；组织、实施畜牧产业化开发项目的考察、论证和申报工作，及时掌握全省畜牧业生产动态信息，为政府提供依据。