为了使得合肥动物保健品协会的日常工作顺利的进行，并且能够发挥协会的职能，协会次理事会经过研究讨论一致决定，协会成立了发展部等5个内设部门，各履其责。下面是这5个部门的主要职责以及负责人。
一、内设部门负责人及主要工作职责
1、发展部
负责人：金从权、武广旭
主要职责：①、负责协会的会员发展及会费收缴工作，
②、负责会员年度注册、退会等管理工作，
③、负责会员之间协调沟通工作，
2、外联部
负责人：樊斑、胡金山
主要职责：①、负责联络其它协会，建立沟通和合作平台，
②、负责联络沟通上级主管部门，
③、负责组织本协会会员单位开展的各类推介会及会展活动。
3、信息部
负责人：杨久松、吴义师
主要职责：①、负责协会网站建设、维护、运行工作，
②、负责组织开展与协会相关的宣传活动，
③、负责筹建、编办协会简报。
4、培训部
负责人：孙道璜、李铁
主要职责：①、负责协会组织开展的各项培训工作，
②、负责参与、联络协会会员组织的各类推广、培训活动，
③、负责组织、实施会员GSP认证工作。
5、办公室
负责人：王学文、过水荣、汪宜佳
主要职责：①、负责协会日常事务的安排管理，
②、负责协会财务管理工作，
③、负责协会内部会议的组织安排，
④、负责协会会员档案管理，
⑤、负责协会年度发展规划的制定，
二、请各部门在一个月内制定具体实施方案，报协会理事会备案后，组织实施。
三、请各部门尽职尽责，紧密协作，发挥协会的各项职能，共谋一个和谐、诚信、发展的协会。